تم تشكيل اللجنة العليا للنافذة الواحدة بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 20 لسنة 2019 بتشكيل اللجنة الوزارية العليا من 6 وزراء لمتابعة تنفيذ النظام برئاسة وزير المالية لتسريع وتيرة تنفيذ النظام الانتهاء من تجهيزات وزير المالية بالموانئ والمنافذ الجمركية والمناطق الحرة العامة والمناطق الاقتصادية.